ในปีพ.ศ. 2335 พระเจ้ากุสตาฟที่ 3 ทรงถูกลอบปลงพระชนม์ กลุ่มผู้สมรู้ร่วมคิดมีเจตนาที่จะให้พระนางโซเฟีย มักดาลีนาทรงเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินในระหว่างที่พระราชโอรสยังทรงพระเยาว์[18]:443 พระนางทรงถูกทำให้เกรงกลัวผู้ทำการปลงพระชนม์พระสวามี แต่ก็กลายเป็นข้อครหาว่าพระนางไม่ทรงฉลองพระองค์ไว้ทุกข์ขณะทรงประทับส่วนพระองค์แต่ทรงไว้ทุกข์เฉพาะพระราชพิธีเสด็จเป็นทางการเท่านั้น<ref name = "Charlotte III">:442 มันกลายเป็นสิ่งที่ดีเนื่องจากทรงสามารถปลีกพระองค์ออกจากสาธารณะ พระเทวัน (น้องเขย)ของพระนาง ดยุคชาร์ลส์ได้กลายเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ และพระนางทรงหลบเลี่ยงบทบาททางการเมือง ในขณะที่ทรงตกพุ่มหม้าย สมเด็จพระพันปีหลวงโซเฟีย มักดาลีนาทรงดำรงพระชนม์ชีพเก็บพระองค์และทรงประกอบพระราชกรณียกิจเพื่อการกุศล

ในปีพ.ศ. 2340 พระนางทรงยืนกรานที่จะเลี่ยงที่จะเสด็จรับพระสุณิสา คือ เจ้าหญิงเฟรเดอริกาแห่งบาเด็นในคราวที่เจ้าหญิงเสด็จมาถึง ซึ่งพระพันปีหลวงทรงจดจำถึงคราที่พระนางทรงต้องโดดเดี่ยวเมื่อการที่ต้องมาเป็นเจ้าสาวอย่างขมขื่นพระทัย ในระหว่างรัชกาลของพระราชโอรส พระนางแทบจะไม่แสดงพระองค์ในราชสำนักยกเว้นทุกวันอาทิตย์และการทูลเชิญของราชสำนัก และพระนางโปรดที่จะประทับแต่ในพระตำหนักส่วนพระองค์

ในปีพ.ศ. 2352 พระนางทรงได้เป็นพยานในการสละราชบัลลังก์ของพระเจ้ากุสตาฟที่ 4 อดอล์ฟ พระราชโอรส หลังจากสวีเดนต้องสูญเสียฟินแลนด์ให้แก่รัสเซีย พระนางทรงสะเทือนพระทัยมากจากการที่พระราชโอรสทรงถูกรัฐประหารยึดพระราชอำนาจ พระเจ้ากุสตาฟที่ 4 และพระราชินีเฟรเดอริกาทรงถูกเนรเทศและแทนที่ด้วยสมเด็จพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 13 แห่งสวีเดน พระเทวันของพระนาง แต่พระนางยังคงได้รับพระบรมราชานุญาตให้ประทับที่สวีเดนต่อไปจนกระทั่งสิ้นพระชนม์ ในปีพ.ศ. 2353 - 2354 พระนางทรงเป็นหนึ่งในพระราชวงศ์เพียงไม่กี่พระองค์ที่ทรงเป็นมิตรกับเดซีรี แคร์รี นายพลฌอง แบ็ฟติสท์ เบอร์นาด็อตต์ได้ระมัดระวังสมเด็จพระพันปีหลวงด้วยความคลางแคลงใจ แม้ว่าพระนางจะทรงได้รับการคุ้มครองโดยไม่ทรงต้องรับโทษฑัณฑ์ซึ่งพระนางไม่ทรงตำหนิเขาว่าทั้งเขาและบุตรชายของเขาได้ทำการแทนที่ตำแหน่งของพระราชโอรสและพระราชนัดดาของพระนาง และเหตุนี้เองทำให้เบอรืนาด็อตต์เต็มใจที่จะดำรงสถานะของพระนางไว้

ได้มีการกล่าวถึงพระนางว่า

พระนางทรงเป็นหนึ่งในบุคคลที่น่าเศร้าใจที่สุดและโดดเดี่ยวที่สุดในประวัติศาสตร์แห่งราชวงศ์สวีเดน